Nella sesta stagione di Che Dio ci aiuti, vedremo Suor Angela, Suor Costanza e il manipolo delle consorelle che popolano il convento fare i bagagli e trasferirsi ad Assisi, la città del cuore di Suor Angela, in cui la donna è cresciuta e dove vive anche il padre Primo, con cui non ha più alcun rapporto.
Anche in questa nuova stagione la suora si troverà a fare i conti con un segreto che la tormenta, una ferita che è ancora aperta dentro di sè e con cui dovrà confrontarsi una volta per tutte. Accanto a lei ci sarà anche questa volta l’immancabile suor Costanza, la quale però è ormai vicina alla pensione. Nonostante questo, la madre superiora non vuole lasciare le sue sorelle e per questo tenta in tutti i modi di rimandare. Tante saranno le avventure e le disavventure che la vedono protagonista, come ad esempio trovare una nuova barista che possa gestire l’Angolo Divino.
Grandi prove aspettano anche Azzurra: la ragazza, che ha deciso finalmente di abbracciare la sua vocazione, dovrà fare i conti con una situazione molto difficile. Al convento, infatti, arriva Penelope, una bambina che ha dentro di sè una delle cose più care che Azzurra ha mai custodito: il cuore del suo Davide, morto in un incidente insieme al padre Guido.
Novità in vista anche per Ginevra e Nico: al temine della quinta stagione i due erano riusciti finalmente a vivere il loro amore e a stare insieme nonostante le difficoltà ed ora sono anche pronti a sposarsi, ma non tutto è facile come sembra. Ginevra, infatti, che viene da un passato da novizia e una vita trascorsa in convento è inesperta sulle questioni di curare e teme di non essere all’alatezza del suo fidanzato Nico.
Le cose si complicheranno ulteriormente quando ad Assisi tornerà anche Monica Giulietti, nipote di Suor Angela ed ex fidanzata di Nico: riusciranno i due a coronare il loro sogno d’amore?